营业税
高校所属的车队，主要为本校师生提供运输服务的，免征营业税；但提供有偿服务的，应征收营业税。
印花税
高校与有关银行向学生等提供无息、贴息贷款，免征印花税。高校向金融机构或其他组织或个人借款时书立的借款合同，其他涉及购销、工程承包、财产租赁、货物运输、仓储保管、财产保险、技术合同等具有合同性质的凭证，均应按规定缴纳印花税。高校转移产权所立书据、办理权利和许可证照，都应按相应的税目缴纳印花税。
高校记载资金的账簿不是印花税的征税范围。
不动产管理业务
房产不动产
由国家财政拨付事业经费的高校，本身业务范围内使用的房产免征房产税；实行自收自支后的高校，从自收自支的年度起，免征房产税3年。高校建设和利用地下人防设施所从事的经营性、非经营性活动，暂不征收营业税。高校所办医院、敬老院等社会福利性机构，免征房产税。
上述税收优惠政策，仅限于高校从事本身业务范围内使用的房产。对于学校用于兴办饮食店、招待所等非教学、营业用的房产，应按规定征收房产税。
全成本核算管理模式的税务处理
目前不少高校在教育经济思想指导下，开始试行全成本核算的管理模式。在房产方面，根据学校房产的供需特点，制定差异化的单位时间使用成本（如每平方米每月多少元），其中预算内使用面积的成本低于超预算使用面积的成本。年度预算中，编列各核算单元的房屋建筑物使用费预算，并逐一核定各单元的使用面积并制定使用标准（即预算内使用面积数）。对预算内面积的使用费，由校产部门委托财务部门按照年度预算代收；对超预算面积的使用费，则由校产部门负责向使用单位收取。这一模式核算下的房产，能够适应高校不动产管理的要求，提高房产的利用效率。但从税务角度说，也产生了一些问题。
问题的关键在于：校产管理部门向使用单位收取房产使用费的行为，产生了实实在在的资金结算关系，容易被视为房产租赁，产生营业税的纳税义务。在税务实践中，此种有偿使用模式，一般被从宽界定为免税范围。同时，也出现房产税问题，尤其是对超预算面积使用费这块，并非由学校的预算经费支付，而是由使用单位的自有资金支付，被要求缴纳房产税也不是不可以。
资本业务：校办企业
校办企业的范围是：1994年1月1日以前，由教育部门所属的普教性学校举办的校办企业，不包括私人办职工学校和各类成人学校(电大、夜大、业大、企业举办的职工学校等)举办的校办企业。1994年1月1日以后新办校办企业经省级教育主管部门和主管税务机关严格审查批准，也可依法享受税收优惠。享受税收优惠的校办企业，必须同时具备下列三个条件：必须是学校出资自办的；由学校负责经营管理；经营收入归学校所有。
校办企业的税收优惠政策有：校办企业生产的应税货物，凡用于本校教学、科研方面的，经严格审核确认后，免征增值税。校办企业为本校教学、科研服务所提供的应税劳务(“服务业”税目中的旅店业、饮食业和“娱乐业”税目除外)，经严格审核确认后，免征营业税。校办工厂、农场自身从事生产经营的所得，暂免征收所得税。
对于将原有的纳税企业转为校办企业；与其他企业挂靠或与其他企业、个人联营的校办企业；承包、承租、转让经营的校办企业；学校出版社、商场、建筑公司，均不得享受“校办企业”的税收优惠政策。
党校办企业，是指县级(含县级)以上党委正式批准成立的党校所办的企业，也可享受上述税收优惠政策；对符合免税条件的学校之间的联营企业，从事上述生产经营所得，也可以暂免征收所得税。